Clear sky стартует с видеоролика, где группа учёных ведомые сталкером, который и будет Вашим героем, идут в неизвестное нам место. Но неожиданно начинаются непонятные вещи. Сперва пробежала стая слепых собак, а затем начался Выброс. Когда Вы приходите в себя то оказываетесь на болоте в группировке «Чистое небо», где его глава, Лебедев, сообщает что Вам посчастливилось выжить после Выброса и Вас нашли на Болотах. Ваша кличка Шрам и Вы являетесь наёмником. Это приятные новости. К ним ещё относится и Ваша новая способность выживать в аномалиях. Теперь о неприятностях. За эту способность Вам приходится платить своей нервной системой. И чтобы выжить Вам нужно предотвратить грядущую катастрофу, которая выражается в виде учащения количества Выбросов. Виновны в этом группа сталкеров, проникшая в центр Зоны. Вам необходимо их найти и остановить. А для начала нужно помочь «Чистому небу» отбиться от бандитов и мутантов. Для этого Вы получаете своё первое снаряжение у торговца. Более серьёзное оружие получите уже на болотах традиционным способом – мародёрством. Обезопасив лагерь от бандитов, отправляйтесь на Кордон с проводником. Маленький совет. Во время первого выхода на болото, в первой же встреченной Вами аномалии есть артефакт. Ищите осторожно, при помощи болтов. В общем, эта локация не очень сложная, можно вдоволь по ней побродить и запастись снаряжением.